常言道：哑巴吃黄连，有苦说不出。黄连之苦，略逊于龙胆草。黄连最早记载于《神农本草经》，被列为上品，实在是深在人心。黄连，别名味连，川连，鸡爪连，云连等；性寒，味苦。归心经、脾经、胃经、肝经、胆经、大肠六经。为毛茛科植物，有三个植物来源，分别是黄连、三角叶黄连或云连，以上三种分别习称“味连”、“雅连”、“云连”。版中国药典明确指出黄连是除去了须根的根茎。
（黄连）黄连的功能：清热燥湿，泻火解毒。用于湿热痞满，呕吐，泻痢，黄疸，高热神昏，心火亢盛，心烦不寐，血热吐衄，目赤吞酸，牙痛，消渴，痈肿疔疮；外治湿疹，湿疮，耳道流脓。
黄连含多种生物，主要为小檗碱（黄连素），含量为5%-8%。另含黄连碱、甲基黄连碱、巴马汀等，由于它们有相似结构，统称为黄连生物碱。尚含木兰花碱及酚性成分，如阿魏酸、绿原酸等。还含有黄柏酮，黄柏内酯。
（生黄连）《神农本草经》载黄连主“肠澼腹痛下利”，肠澼是痢疾（肠炎）的最早提法。鉴于痢疾的临床表现，以湿热痢疾最为常见。黄连苦寒，能够清热燥湿止利，最为对证，被历代医家称为泻痢要药。痢疾可表现为过度腹泻，因过度腹泻丢失了大量的碱性肠液，所以容易引起代谢性酸中毒。
从药理的角度讲，一方面，黄连主含小檗碱等生物碱，进入机体后能够中和多余的酸，从而纠正代谢性酸中毒；另一方面，小檗碱等生物碱对革兰氏阴性菌及革兰氏阳性菌均具有杀灭作用。此外，小檗碱能够抑胃肠黏液分泌，减轻渗出，从而起到止泻作用。
（黄连全草）黄连与利巴韦林、吗啉胍、阿昔洛韦、干扰素、聚肌胞、丙种球蛋白、免疫核糖核酸、白细胞介素等抗病毒西药联用，有协同作用，使抗病毒效能增强；黄连与青霉素、头孢菌素类、喹诸酮类、氨基糖苷类、四环素类、土霉素、氯霉素、大环内酯类、林可霉素、克林霉素、杆菌肽、多黏菌素B、多黏菌素E等抗生素及磺胺类药物联用，抗菌作用明显增强；黄连与利胆素、去氢胆酸、牛胆酸钠、硫酸镁等具有利胆作用的西药联用，作用协同，促进胆汁分泌及舒缓胆总管作用增强；黄连与安乃近、阿司匹林及对乙酰氨基酚等解热西药并用，解热作用协同，疗效增强；黄连与甲氧苄啶（TMP）并用，可增强抗菌活性25倍以上。
（清热第一方-黄连）黄连用于水产动物，作用包括：①抗病原微生物，黄连有广谱抗菌作用，对嗜水气单胞菌、荧光假单胞菌、柱状嗜纤维菌、水型点状假单胞菌、温和气单胞菌、迟缓爱德华氏菌、杀鱼巴斯德菌、链球菌、金黄色葡萄球菌等均有明显抑制作用。同时均有抗真菌、抗病毒和抗原虫作用；②抗毒素，黄连对多种细菌毒素有明显拮抗作用；③抗炎；④镇痛；⑤抗氧化；⑥解热；⑦镇静；⑧调节肠道菌群失调；⑨增强免疫，黄连能提高动物巨噬细胞的吞噬率及吞噬率指数，促进抗体生成，增强血清溶菌酶含量。
（黄连）黄连常用于治疗鱼类细菌性肠炎。鱼类细菌性肠炎主要危害草鱼、青鱼、鲫鱼、罗非鱼、鲤、鳙等鱼类，水温在20℃以上流行，水温25~30℃为流行高峰，病原体主要是嗜水气单胞菌。其症状表现为病鱼离群独游，游动缓慢，体色发黑，食欲减退。病情较重的，腹部膨大，两侧上有红斑，肛门常红肿外突，呈紫红色，轻压腹部，有黄色液体或血脓从肛门处流出。肠壁充血发红、肿胀发炎，早期肠腔内没有食物或只在肠的后段有少量食物，肠内有较多黄色或黄红色黏液。后期可见全肠充血发炎，肠壁呈红色或紫红色，尤其以后肠段明显，肠黏膜往往溃烂脱落，并与血液混合而成血脓，充塞于肠管中。
（水产养殖）黄连治疗鱼类细菌性肠炎，建议口服黄连煎剂或黄连粉剂，剂量-g/吨体重，每日1次，连用5-7天。