对于大多数人来说，服用“典型的”非处方益生菌补充剂不会产生任何副作用，因为由于胃酸和胃肠道系统中的其他生化因素破坏了有益的细菌，大多数产品在一小时左右后实际上什么都不会做。例如，如果你的肠道很干净，只需要良好的菌群，如果你在非常健康的状态下停止使用抗生素，你可能只会体验到更高的能量和更好的消化健康。但对于某些人来说——尤其是那些肠道细菌多年来一直失衡的人——肠道内可能会有一场真正的拉锯战，因为存在的许多症状，如气体、腹胀、大便疏松或便秘都被夸大了。
服用益生菌的这个方面很少被讨论，这是不幸的。许多人看到他们恶化的症状后得出结论，不仅补品没有达到预期的效果，反而使他们的情况更糟。因此，他们就停止使用产品。如果由于症状恶化而不能耐受良好的益生菌补充剂，你有责任解决潜在的问题，即肠道生态失调。联系一个专家，比如我自己，帮助你测试你的肠道，接受一个治疗方案来解决这些复杂的问题。肠道菌群失调是指其他细菌在肠道中占据了位置，取代了原本应该存在的有益细菌。为了“生长”出一个好的、健康的微生物群落，这些细菌必须被移除。
如果你正在经历益生菌的副作用，请理解，虽然这些症状可能不方便(我承认，偶尔会令人尴尬)，但它们也是你的肠道需要注意的一个戏剧性的迹象!
结肠的正常pH值(酸碱度)应该在6.7到6.9之间。pH为7.0是中性的;下面的东西都是酸性的，上面的东西都是碱性的。为了抑制致病菌并促进有益肠道细菌的生长，你的结肠需要微酸。肠道菌群失调与次氯酸钠或低度胃酸也是经常共同存在的因素。
压力、抗生素、供水中的氯、药物(处方药和非处方药)都是清除肠道细菌和使结肠环境更碱性的因素。当你开始服用益生菌补充剂时，这些新引入的友好细菌会改变pH值，使其变得更酸——对它们来说，这里的环境要友好得多。这在一开始可能是一场斗争，因为其他细菌是如此根深蒂固。我发现如果同时治疗病原菌并不是什么难事。
如果没有，结肠的pH值就会从碱性变成酸性，好细菌和坏细菌就会经历一场战争，而有些人可能会开始抱怨、疼痛、气体、稀便或其他不舒服的肠道症状。
这种情况持续的时间因人而异。例如，如果你正在服用抗生素或其他杀死有益肠道细菌的药物，这种转变可能需要很长时间，甚至可能永远不会发生。常见的药物，如止痛药、止痛药、类固醇、消炎药、安眠药、避孕药、抗酸药、疫苗，以及其他许多药物，要么杀死要么干扰有益菌群的生长。如果你能消除或至少减少这些药物，你将有更好的机会恢复你的肠道菌群正常。一些压力很大的人也面临同样的困境。
停止益生菌可以消除你恶化的症状，但它不会给你好的细菌一个机会。而且，你不会体验到健康结肠带来的健康益处。