对于许多食品来说，在你注意到它们的影响之前，有一个最长时间可达24小时的短期延迟。如果非常甜的东西，酒精。酶将我们吃进去的食物转化成细胞需要的燃料，无论是肌肉细胞、脑细胞、免疫细胞还是血液细胞，都需要这些燃料。然后，细胞内的酶类再将这些燃料转换成可用的能量，这些能量使我们的心脏跳动，让我们的神经进行生物电传导，并使所有其他身体机能都运作起来。几乎所有的酶类，都直接或者间接地依赖于维生素和矿物质的存在。
消化是从感官开始的。食物的外观和气味会在我们的身体里引起化学反应，这种反应让我们做好吸收和消化食物的准备。然后食物被送到胃里，大的蛋白质被分解成小一些的氨基酸链。蛋白质消化的第一步是由从胃壁释放的盐酸开始的，而胃酸的释放量依赖于锌的作用。通常人体内锌的含量随着年龄的增长而减少，因此胃酸的产量也随之减少，其结果就是消化不良，在进食高蛋白质食物后，这种情况尤为明显。消化不良可能会导致食物过敏症，因为没有消化的大的食物分子更容易促使小肠内过敏反应的发生。
从营养上解决胃酸过少的途径就是服用含有盐酸甜菜碱的消化补充剂，加上至少15毫克易于吸收的锌，如柠檬酸锌。但是有的人会产生太多的胃酸（这很可能是他们“胃里发酸＂的原因），受到消化不良和胃烧灼感的煎熬。这种情况通常可以通过避免成酸性和刺激性的食物和饮料的方法来改变。酒精、咖啡茶和阿司匹林都会刺激消化道壁；肉鱼鸡蛋和其他富含蛋白质的食物都会促进酸性产物的生成，从而加剧酸性过强的状况；矿物质，如钙和镁，都是碱性的，对那些遭受酸性煎熬的人而言，有一定的缓和平复作用。
胃也会产生蛋白酶。蛋白质的消化在小肠的十二指肠中继续进行，由胰腺和肝脏产生的消化酶类就汇流到这里。胰腺是主要的消化器官，其中有特定的细胞产生的分解碳水化合物脂肪和蛋白质的酶类。
消化酶的生成取决于许多的微量营养素，尤其是维生素B6。不良的营养状态通常会导致消化吸收不良，未被消化的食物促进了肠道内不良菌群和其他微生物的增殖，症状包括腹胀、腹痛和胃气胀。解决这些问题的最简单的方法就是每餐摄入一次复合消化酶补充剂。将它们捣碎，放入燕麦和水煮成的稠粥中搅拌。如果这个产品的质量没问题，粥就会在30分钟内变成液体。营养水平提高了，消化机能通常就会自动得到改善，或许以后就没有必要继续服用酶类补充剂了。
在脂肪被消化之前，必须要对它进行特殊的加工处理。这是由一种被称为胆汁的物质实现的，它在肝脏中产生，并储存在胆囊中。胆汁含有卵磷脂，这能帮助乳化大脂肪颗粒，并且将它们转化成微小的粒子，补充卵磷脂的颗粒或胶囊可以促进乳化作用，并且对脂肪耐受性很低的人有所帮助，例如那些因手术切除了胆囊而不能储存胆汁的人。
益生菌，蛋白质和脂肪都可以被乳酸杆菌分解成氨基酸和脂肪酸。牛奶中的糖和乳糖，同样也能被分解成葡萄糖和半乳糖。这对那些患有乳糖不耐症的人非常有好处，因为这些人的身体中缺乏把乳糖分解成葡萄糖和半乳糖的乳糖酶。益生菌同样也能促进钙和其他矿物质的吸收；能够制造维生素，主要是维生素K、维生素B,2和叶酸；能够缓解便秘；还是各种不同类型消化系统疾病的重要治疗成分。
这些消化系统疾病当中，包括了节段性回肠炎、溃疡性结肠炎、腹泻和肠易激综合征。肠易激综合征的人群中，大约有一半都有肠道菌群平衡失调的状况。
补充益生菌对治疗伴有炎症的肠道失调症如节段性回肠炎和溃疡性结肠炎有良好的效果。乳酸唾液乳杆菌是乳酸杆菌中的一个特殊菌种，对大肠炎特别有效。益生菌可能带来的帮助之一就是促进治愈和修复消化道。消化道在发炎的时候，其渗透性会发生异常（也就是所谓的＂肠漏＂状态），这就是产生食物过敏症和自我解毒问题的主要原因。这种炎症可能是由于以上这些病症引起，也可能是由酒精、止痛剂或者抗生素引起的。这一系列的问题同样也能导致其他的炎症，如关节炎，补充益生菌对治疗这些疾病也有好处。消化道在短链脂肪酸(SCFAs)的作用下可以重拾健康，而乳酸杆菌、双歧杆菌和真细菌（真细菌通常不被当做益生菌，因为服用补充剂对肠道中的真细菌数量没有多大影响）则会生成短链脂肪酸。帮助治疗腹泻，充益生菌则可以将腹泻康复的病程缩短一半时间。益生菌能也会对食物过敏症有帮助。
许多食物都会刺激并损害肠道，如小麦中的麦醇溶蛋白，它会破坏小肠绒毛组成的小肠壁的细微突起。进食大量的糖、消化不良和经常服用抗生素最容易造成肠道感染。
肠道内大约生活着多种不同的细菌，其中大多数都是必需的。抗生素会不分青红皂白地将体内所有的细菌都清除干净，如果肠道内有不良的细菌，或者可能有一种酵母样生物白色念珠菌过度繁殖，高糖的膳食，也包括水果，都会使问题恶化。摄入糖类后的中毒感、困倦感和胀气感都是潜在的肠道菌群平衡失调的征兆。酵母以同样的方式发酵糖类而生成酒精，所以可以先测试血液中的酒精含量，然后吃些糖，之后再测次血液中的酒精含量，用这种方法来检测酵母类生物的存在与否。
从椰子中提取的羊脂酸（辛酸）和橄榄叶提取物，都是有效的抗真菌成分。将葡萄袖种子提取物滴入水中服用，可以抗真菌、病毒和细菌，同时不会破坏必需的肠道
菌群。
最好也不要在进餐时服用它。另一种疗法，即益生菌疗法，目标是增强肠道有益细菌的活力。通过短期服用益生菌补充剂，很容易就能达到这个效果。因为细菌很脆弱，所以最好选择含有嗜酸乳杆菌和双歧杆菌的优质产品。
消化不良是肠胃胀气的原因之一，食物中不能被消化的碳水化合物会引起消化不良。这些碳水化合物在豆类和蔬菜中含量特别高。α半乳糖昔酶可以分解这些不能被消化的碳水化合物，并减轻肠胃胀气。
便秘有许多原因，最常见的是排泄物太硬。天然食品在消化道内可以保持柔软性状，因为它们都含有丰富的纤维，可以吸收水分并膨胀。如果烹调适当的话，全谷类食物，例如燕麦和米就可以吸收水分并为消化道提供柔软潮湿的大体积粪便。肉类、奶酪鸡蛋精制谷类和小麦（因为含有面筋）都会导致便秘。燕麦纤维有助于使过多的胆固醇排泄，减缓碳水化合物的吸收速度，还能预防便秘。而燕麦最好的食用方法是浸泡冷食。
低聚果糖它可以保持肠道湿润，并促进有益健康的乳酸细菌增殖。虽然它的效果并不那么快，却是对付便秘长期有益的途径。同样，摄入大量的水果、蔬菜和全谷物，再加上喝大量的水，也很有必要。
长期的便秘会产生物理性堵塞，导致肠的膨胀。一些特殊的膳食纤维的混合物，如亚麻子壳、甜菜纤维、燕麦纤维和药草，可以帮助松动沉积的排泄物。当心情紧张的时候，人就会停止消化，这是机体的自然反应。
增强消化能力是身体健康的基础。能量水平上升了，皮肤就会变得更加柔
软和光洁，体臭会减少，同时免疫系统功能也会增强。
